2016年3月1日起，云南省正式开始实行食品经营许可证“两证合一”改革，即将《食品流通许可证》和《餐饮服务许可证》整合为《食品经营许可证》，实现“两证合一”。全省各地积极开展换发新食品经营许可证工作。各州市都在以最快的速度发放启用新证，截至目前，全省共发放食品经营许可证55份。

食品经营许可“两证合一”后，云南省食品安全监管将实行“一地一证”，即食品经营者在同一个经营场所从事食品经营活动，只需办理一个食品经营许可证；同时，按主体业态许可，把过去食品流通与餐饮服务分段许可调整为按食品经营项目归类许可。将食品经营分为食品销售、餐饮服务和单位食堂3大主体业态和预包装食品销售、散装食品销售、热食制售、冷食制售、自制饮品等10个经营项目进行分类许可。同时新版食品经营许可证也将自动售货设备和网上销售食品的行为统一纳入许可范围。申请者根据实际经营情况申报一种主体业态，对多种经营项目的食品经营者，主体业态按其主要经营项目进行归类。此外，针对不同的主体业态，还明确了相关的审查资质要求。